Ընկերության կառավարման բարձրագույն մարմինը բաժնետերերի ընդհանուր ժողովն է: Ընթացիկ կառավարումն իրականացնում է գործադիր վարչությունը, որի նախագահը «Վալլեքս» խմբի ընկերությունների նախագահ Վալերի Մեջլումյանն է:
Ընկերության հիմնական կառուցվածքային միավորներն են լեռնահանքային, մետալուրգիական, արտադրական, մատակարարման և մարքեթինգի, ընդհանուր հարցերով և ֆինանսատնտեսագիտական վարչությունները:
Լեռնահանքային և մետալուրգիական վարչությունները պատասխանատու են արտադրության համար: Լեռնահանքային վարչությունը, որը նախկինում պատասխանատու էր Ալավերդու հանքի և հանքահարստացուցիչ ֆաբրիկայի աշխատանքների համար, այժմ իրականացնում է հետազոտություններ և ուսումնասիրություններ այլ հանքավայրերում և հանքերևակումներում, որոնց նկատմամբ ընկերությունն ունի համապատասխան իրավունքներ: Մետալուրգիական վարչությունն իրականացնում է պղնձի խտանյութի և ջարդոնի ձուլում: Այն օգտագործում է Հայաստանում ձեռքբերված պղնձի խտանյութը և ջարդոնը:
Արտադրական վարչությունն իրականացնում է շինարարական, վերանորոգման, էլեկտրաէներգիայի և բնական գազի, տեխնոլոգիական օդի և ջրի մատակարարման և այլ աշխատանքներ, ինչպես նաև իրականացնում է ավտոտրանսպորտով և երկաթուղով բեռնափոխադրումներ:
Ընդհանուր հարցերով վարչությունը համակարգում է կադրերի բաժնի, որակի նկատմամբ տեխնիկական վերահսկողության, քիմիական լաբորատորիայի, բժշկական ծառայության և անվտանգության ծառայության աշխատանքները:
Մատակարարման և մարքեթինգի վարչությունն իրականացնում է այլ արտադրողներից պղնձի խտանյութի, ջարդոնի և անհրաժեշտ այլ նյութերի ձեռքբերման աշխատանքները: Վարչությունը պատասխանատու է նաև արտադրանքի վաճառքի (ներառյալ փոխադրումը և լոգիստիկան) և մարքեթինգային խնդիրների համար:
Ֆինանսատնտեսագիտական վարչությունը պատասխանատու է ընկերության գործունեության պլանավորման, ֆինանսական գործառույթների, ինչպես նաև հաշվապահության համար:
